Tahun 1932, di Padang terdapat dua tempat penampungan orang sakit jiwa. Lokasi pertama berada di belakang Rumah Sakit Tentara di Parak Pisang (sekarang Rumah Sakit Tentara dr. Reksodiwiryo), yang disebut Doorganghuis voor Krankzinnigen dan merupakan bagian dari Militaire Hospital. Lokasi kedua berada di tempat Rumah Sakit Jiwa Prof. HB. Saanin saat ini, yang dikenal sebagai Koloni Oili Orang Sakit Jiwa (KOSD) Ulu Gadut. Di Ulu Gadut, para pasien melakukan berbagai kegiatan pertanian, seperti bersawah, berladang, dan berkebun.
Pada masa Revolusi 1945, seluruh orang sakit jiwa di Parak Pisang dipindahkan ke KOSD Ulu Gadut karena situasi yang semakin tidak aman.
Pada 21 Januari 1947, saat Agresi Belanda, terjadi evakuasi kembali karena situasi yang tidak aman. Para pasien dipindahkan dari Ulu Gadut ke Sawah Lunto, menumpang dan bergabung dengan RSU Sawah Lunto yang saat itu dipimpin oleh dr. H. Hasan Basri Sa’anin Dt. Tan Pariangan. Setelah itu, tempat tersebut dikenal dengan nama Rumah Perawatan Sakit Jiwa (RPSDJ).
Tahun 1954, dilakukan pembangunan kembali serta pemugaran bangsal-bangsal di Ulu Gadut, dan para pasien dikembalikan secara bertahap. KOSD pun diubah namanya menjadi Rumah Sakit Jiwa Ulu Gadut.
Pada tahun 2010, terjadi perubahan Struktur Organisasi dan Tata Kelola (SOTK) berdasarkan Peraturan Daerah Provinsi Sumatera Barat Nomor 7 Tahun 2010 tentang Organisasi dan Tata Kerja Rumah Sakit Jiwa Prof. HB. Saanin dan Peraturan Gubernur Sumatera Barat Nomor 6 Tahun 2011 tentang Tugas Pokok dan Fungsi Rumah Sakit Jiwa Prof. HB. Saanin.
Selanjutnya, pada tahun 2011, berdasarkan Keputusan Gubernur Sumatera Barat Nomor 440-538/2011, Rumah Sakit Jiwa Prof. HB. Saanin berubah status menjadi Pola Pengelolaan Keuangan Badan Layanan Umum Daerah Provinsi Sumatera Barat secara penuh.
Tahun 2021, terjadi perubahan SOTK berdasarkan Peraturan Gubernur Sumatera Barat Nomor 37 Tahun 2021 tentang Kedudukan, Susunan Organisasi, Tugas dan Fungsi, serta Tata Kerja Unit Pelaksana Teknis Daerah Rumah Sakit Jiwa Prof. HB. Saanin.
Tahun 2023, terjadi perubahan SOTK berdasarkan Peraturan Gubernur Sumatera Barat Nomor 5 Tahun 2023 tentang Pembentukan, Kedudukan dan Kewenangan, Susunan Organisasi, Tugas dan Fungsi, serta Tata Kerja Unit Pelaksana Teknis Daerah Rumah Sakit Daerah.
